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“三合一”產(chǎn)前篩查技術(shù)高效防控出生缺陷

2022-11-09 08:41:21 來源:科技日?qǐng)?bào)

近日,中國科學(xué)院院士、復(fù)旦大學(xué)附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院黃荷鳳團(tuán)隊(duì)研發(fā)了一種全新的無創(chuàng)產(chǎn)前篩查(NIPT)方法,首次實(shí)現(xiàn)了對(duì)染色體病和單基因病的同步篩查,同時(shí)大幅提高了無創(chuàng)產(chǎn)前篩查對(duì)目標(biāo)疾病的檢測性能。相關(guān)研究論文近日在線發(fā)表于《細(xì)胞發(fā)現(xiàn)》雜志上。

出生缺陷是指出生前發(fā)生的身體結(jié)構(gòu)、器官功能或代謝異常,是導(dǎo)致新生兒和嬰幼兒死亡、殘疾的重要原因。2010年全球疾病負(fù)擔(dān)研究顯示,6.4%的新生兒死亡歸因于出生缺陷,在所有死亡原因中排名第五。

近年來,隨著我國出生缺陷防治體系的不斷完善,三級(jí)防控措施深入實(shí)施,出生缺陷的防治工作取得了一定成效。但由于我國人口基數(shù)大,每年新增出生缺陷患兒數(shù)仍有10萬例左右。


(資料圖片)

無創(chuàng)產(chǎn)前篩查可將染色體病扼殺在“搖籃”里

從20世紀(jì)60年代開始,醫(yī)生就采用羊膜穿刺術(shù)抽取子宮內(nèi)羊水進(jìn)行唐氏綜合征檢測,但是這類侵入性的有創(chuàng)產(chǎn)前檢測不僅需要在特定醫(yī)療機(jī)構(gòu)進(jìn)行、由專業(yè)醫(yī)生操作,而且還會(huì)帶來一定的流產(chǎn)或者宮內(nèi)感染風(fēng)險(xiǎn),不適用于大規(guī)模的孕婦普篩。

20世紀(jì)70年代,科研人員發(fā)現(xiàn),孕婦外周血中妊娠相關(guān)血漿蛋白A和甲胎蛋白的濃度與唐氏綜合征的患病風(fēng)險(xiǎn)有關(guān)。隨后,科研人員開始采用這些血清學(xué)指標(biāo)來篩查唐氏綜合征,即早孕期或中孕期的“血清學(xué)唐篩”。但是血清學(xué)唐篩也有明顯的缺陷——假陽性率很高。血清學(xué)唐篩結(jié)果為高風(fēng)險(xiǎn)的胎兒有大約40%是正常的。因此被診斷為唐篩高風(fēng)險(xiǎn)的產(chǎn)婦還需要進(jìn)行羊膜穿刺術(shù)進(jìn)行進(jìn)一步的產(chǎn)前診斷,這又增加了侵入性操作相關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)。

1997年,香港中文大學(xué)盧煜明教授發(fā)現(xiàn)孕婦血漿中存在胎兒的遺傳物質(zhì)DNA,這使得利用孕婦外周血中的胎兒游離DNA來篩查胎兒遺傳性疾病成為可能;2008年,基于高通量測序的無創(chuàng)產(chǎn)前篩查開始向臨床轉(zhuǎn)化,很快就形成了穩(wěn)定成熟的檢測體系;2011年,無創(chuàng)產(chǎn)前基因檢測技術(shù)開始臨床應(yīng)用并迅速在全球普及。

2016年,原國家衛(wèi)生計(jì)生委員會(huì)發(fā)布了《孕婦外周血胎兒游離DNA產(chǎn)前篩查與診斷技術(shù)規(guī)范》,規(guī)定了無創(chuàng)產(chǎn)前檢測技術(shù)的適用范圍、臨床服務(wù)流程、檢測技術(shù)流程等內(nèi)容。除唐氏綜合征外,無創(chuàng)產(chǎn)前篩查還可以同時(shí)篩查18三體綜合征和13三體綜合征。這三者都屬于染色體病。

同年,升級(jí)版無創(chuàng)產(chǎn)前篩查技術(shù)“無創(chuàng)Plus”開始了臨床應(yīng)用,從篩查3個(gè)疾病增加到篩查約100個(gè)疾病。“無創(chuàng)Plus”不僅可以篩查常染色體和性染色體數(shù)目變異,還可以篩查染色體微缺失微重復(fù)綜合征。

單基因病無創(chuàng)產(chǎn)前篩查無法篩出染色體病

在由遺傳因素導(dǎo)致的出生缺陷中,單基因病占比高達(dá)22.2%。在所有的新生兒死亡病例中,因單基因病致死的累計(jì)占比20%。目前全球已發(fā)現(xiàn)8000余種單基因病,綜合發(fā)病率高達(dá)1%,其中99%以上的疾病無有效治療方式。

“我國對(duì)胎兒染色體異常的產(chǎn)前篩查和產(chǎn)前診斷體系較為完備,而對(duì)單基因病的檢測還相對(duì)薄弱。因此,阻斷單基因病是我國新時(shí)期出生缺陷防控工作查漏補(bǔ)缺的關(guān)鍵環(huán)節(jié)?!秉S荷鳳在接受科技日?qǐng)?bào)記者采訪時(shí)說。

復(fù)旦大學(xué)附屬婦產(chǎn)科醫(yī)院教授徐晨明介紹,與染色體病不同,單基因病是由單個(gè)基因的一個(gè)或數(shù)個(gè)堿基突變引起。無創(chuàng)產(chǎn)前篩查通常使用的是低深度全基因組測序技術(shù),無法檢測單個(gè)基因的單堿基突變或小的插入或缺失,而高深度的全基因組測序又不具備臨床適用性。

無創(chuàng)產(chǎn)前篩查在單基因病的應(yīng)用方面發(fā)展相對(duì)緩慢。但隨著新技術(shù)的不斷出現(xiàn),單基因病無創(chuàng)產(chǎn)前篩查有了較大進(jìn)展。2012年,英國率先批準(zhǔn)兩種骨骼發(fā)育相關(guān)單基因病即軟骨發(fā)育不全和致死性骨發(fā)育不良的無創(chuàng)產(chǎn)前診斷;2017年,美國的貝勒醫(yī)學(xué)院也推出了可以檢測44種單基因病的無創(chuàng)產(chǎn)前篩查產(chǎn)品;2021年,我國北京博昊云天科技有限公司(以下簡稱博昊基因)、深圳華大基因股份有限公司等也陸續(xù)推出了單基因病無創(chuàng)產(chǎn)前篩查產(chǎn)品,然而這些產(chǎn)品只能檢測單基因病,卻不能檢測染色體病。

“三合一”技術(shù)實(shí)現(xiàn)同步篩查染色體異常和單基因病

染色體病與單基因病的分項(xiàng)檢測使得產(chǎn)前篩查變得復(fù)雜、成本增加,如何只進(jìn)行一次檢測就能同時(shí)篩查出染色體病與單基因病成為擺在科學(xué)家面前的難題。

為此,黃荷鳳團(tuán)隊(duì)聯(lián)合博昊基因歷經(jīng)3年多研發(fā),成功開發(fā)出“協(xié)同等位基因靶向富集測序技術(shù)”,實(shí)現(xiàn)了高度均一地對(duì)目標(biāo)染色體區(qū)域內(nèi)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)等位基因片段化DNA的富集,以產(chǎn)生高信噪比的游離DNA測序數(shù)據(jù)。該團(tuán)隊(duì)利用新的基因組算法來分析目標(biāo)區(qū)域的測序深度、等位基因分?jǐn)?shù)、連鎖單核苷酸多態(tài)性,精確地將胎兒基因組與母體背景分離,解決了無創(chuàng)產(chǎn)前篩查的技術(shù)缺陷。

通過關(guān)鍵試劑、實(shí)驗(yàn)方法和生物信息算法的創(chuàng)新,該技術(shù)首次實(shí)現(xiàn)了針對(duì)多種染色體非整倍體、染色體微缺失微重復(fù)和單基因病的同步無創(chuàng)產(chǎn)前篩查。

“在1129例回顧性樣本中,我們檢測到54個(gè)胎兒染色體非整倍體、8個(gè)微缺失微重復(fù)和8個(gè)單基因變異,靈敏度為100%,特異度為99.3%。”作為論文第一作者和通訊作者之一,徐晨明介紹,利用該技術(shù)開發(fā)的“三合一”無創(chuàng)產(chǎn)前篩查產(chǎn)品NIPT2 Pro,針對(duì)孕12周以上的單胎妊娠孕婦,只需10毫升外周血,一次采樣就可以同步篩查胎兒115種常見、高發(fā)和后果嚴(yán)重的遺傳性疾病。

“我們還進(jìn)行了一項(xiàng)歷時(shí)近2年的多中心前瞻性臨床研究,即將形成科研成果?!秉S荷鳳表示,“將單基因病納入現(xiàn)有的無創(chuàng)產(chǎn)前篩查體系具有顯著的臨床價(jià)值,將開啟我國遺傳性出生缺陷防控的新篇章?!?/p>

關(guān)鍵詞: 出生缺陷 產(chǎn)前篩查

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